ახალი თაობის სეკვენატორი Solid™

კომპანია Applied Biosystems-ის ბოლო უდიდესი მიღწევაა ახალი თაობის დიდსიჩქარიანი, თანმიმდევრობების ავტომატურადგანმსაზღვრელი სისტემაSOLID™. ამ ხელსაწყოში განხორციელებულია თანმიმდევრობის ერთდროული განსაზღვრის ტექნოლოგია, რომელიც ეფუძნება ლიგაზურ ჯაჭვურ რეაქციას. SOLID™ სისტემას გააჩნია არნახული წარმადობა - 60გბ-მდე მიმდევრობების განსაზღვრა 1 ციკლში!

მწარმოებელი: Applied Biosystems (აშშ)

• აღწერილობა  
• მახასიათებლები  

სისტემისSOLID™ (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection) განხორციელებულია დნმ-ს თანმიმდევრობების დიდსიჩქარიანი ერთდროული განსაზღვრის იდეა:ერთდროულადგანისაზღვრებამილიონობითმოლეკულის თანმიმდევრობა,საბოლოოთანმიმდევრობაიკრიბება მრავალი მოკლეურთიერთგადამფარავიფრაგმენტებიდან(„წაკითხვებიდან“ანდა„ნაწყვეტებიდან“).

სისტემის კომპლექტში შედის:

• HydroShear® (Genomic Solutions®) - ხელსაწყო დნმ-ს დაყოფისათვის ბიბლიოთეკების შექმნის დროს

• Covaris™ S2 System (Covaris Inc.) - დნმ-ს დასაყოფი და მიკრონაწილაკების დასაშლელი ხელსაწყო  

• ULTRA-TURRAX® Tube Drive (IKA®) - წყალ-ზეთოვანი ემულსიის შესაქმნელი ხელსაწყო

• Gold 96-Well GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) - პჯრ-ს ჩასატარებლად

• მყარი™ UPS 2100 Watts/3000VA - უწყვეტიკვების წყარო

• მაგიდისკომპიუტერიDell® თხევადკრისტალური მონიტორით

პროგრამულიუზრუნველყოფის პაკეტი:

• Instrument Control Software
• SOLiD™ Analysis Tools (SAT)
• SOLiD™ Experiment Tracking System (SETS)
• SOLiD™ Alignment Browser (SAB)

დღეს SOLID™ საშუალებას იძლევა ჩატარდეს:

• გენომების კვლევები:

- გენომების თანმიმდევრობის სრული ხელახალი განსაზღვრა (SNP-ს, აგებულების ცვლილებებისა და სახესხვაობების მოძებნა, სრული გენომური გენოტიპირება)

- გენომების ცალკეული დიდი ფრაგმენტების თანმიმდევრობის ხელახალი მიზანმიმართული განსაზღვრა

- მცირე გენომების (ვირუსები, მიკროორგანიზმები) თანმიმდევრობის de novo განსაზღვრა  

• ეპიგენეტიკური კვლევები:

- ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაცია და შემდეგ თანმიმდევრობის განსაზღვრა (ChIP-Seq)

- ანალიზი დნმ-ს მეთილიზაციის მდგომარეობის სრული გენომური განსაზღვრა (MeDIP-Seq)

• რნმ-ს ანალიზი (RNA-SEQ):

- მცირე რნმ-ს შესწავლა (mirna, siRNA, piRNA, esiRNA)

- მცირე რნმ-ს დონეების გაზომვა, მცირე რნმ-ს იზოფორმების ანალიზი, არაკოდირებადი რნმ-სშესწავლა, ახალი ტრანსკრიპტების გამოვლენა

- ცალკეულ უჯრედში გენების ექსპრესიის ანალიზი

- რნმ-ცილების ურთიერთქმედებათა შესწავლა

• რიბოსომების პროფილირება:

- ერთდროულად ათასობით მცირე რნმ-სტრანსლაციის დონის გაზომვა

- ტრანსლაციის კონტროლის მექანიზმების შესწავლა

სისტემა საშუალებას იძლევა დავამუშავოთ მცენარეების, ადამიანების, ბაქტერიების, საფუარების, ცხოველების, ვირუსების გენომები  დნმ-ს და რნმ-ს დონეზე.

სისტემა SOLID™:

- შეიცავს კომპიუტერულ სისტემას, რომელიც აანალიზებს მონაცემებს რეალურ დროში  და ქსელის საშუალებით აკონტროლებს  ანალიზის მიმდინარეობას

- შეიცავს მრავალმხრივ პროგრამულ უზრუნველყოფას

- უაღრესად ზუსტია

- ატარებს მულტიპლექსურ ანალიზს “შტრიხ-კოდირების საშუალებით“ (ერთ ჯერზე 256-მდე ნიმუში)

რა შეუძლია SOLID™ სისტემას:

• გააჩნია უდიდესი წარმადობა ახალი თაობის ყველა სისტემასთან შედარებით (60 გბ ერთ ჯერზე) და სიზუსტე (99.94%)

• ზრდის კვლევითი მუშაობის ნაყოფიერებას, რადგან არის გენომური კვლევების მოქნილი, ზუსტი და ავტომატური, მონაცემთა ანალიზის დახვეწილი მექანიზმის მქონე  მოწყობილობა

• სისტემა იძლევა მზა გადაწყვეტილებებს ერთ ხელსაწყოში სხვადასხვა ექსპერიმენტების ჩასატარებლად, და ამით ნერგავს ჭეშმარიტად სისტემურ მიდგომას ბიოლოგიაში.

ზომები:

სიგანე - 163 სმ

სიღრმე - 60 სმ

სიმაღლე - 178 სმ

წონა - 363 კგ

კომპანია უზრუნველყოფს ხელსაწყოების სრულ მომსახურებას და მეთოდოლოგიური მხარდაჭერას.

უფრო დაწვრილებითი ინფორმაცია:

http://www3.appliedbiosystems.com/AB_Home/applicationstechnologies/SOLiD-System-Sequencing-C/index.htm